土木与交通学院工程管理系成立于2005年，同年工程管理本科专业获批招生。2008年成立南昌航空大学工程咨询中心。2010年获得建筑与土木工程领域工程硕士授予权，开始招收工程建造管理和BIM方向研究生。2013年成立南昌航空大学BIM研究所，并联合南昌大学和江西中煤建设集团有限公司率先在全省成立江西省BIM工程技术中心。2014年工程管理专业获批为省级综合改革试点专业，同年获得项目管理专业硕士学位授予权并招生。

2017年工程管理专业列为江西省一本招生专业。在2017年江西省普通高校本科专业综合评价中，我校工程管理专业位列第三名，在全省参评高校中排在前20％。2019年获得工程管理硕士（MEM）学位授予权并招收硕士研究生，同年在土木水利专业学位硕士授权点开设智慧建筑方向并招生。2019年成立南昌航空大学智慧建造研究中心，同年本系与土木工程系共同组建江西省智慧建筑工程研究中心，并成立智慧城市研究所和BIM智慧数据管理研究所。2021年工程管理专业入选省级一流本科专业建设点，同年获批成立江西省装配式建筑与智能建造重点实验室、国家土建结构预制装配化工程技术研究中心江西研究院和南昌航空大学MEM教育中心。

2022年江西省智慧建筑工程研究中心被认定为全国科普教育基地，同年成立南昌航空大学建筑碳中和研究中心。2023年工程管理专业通过住房和城乡建设部高等教育工程管理专业评估（认证），是全省首个通过住建部专业评估（认证）的工程管理专业点。

工程管理系现任主任是郭慧锋博士、副教授，系教职工党支部书记是马天柱。工程管理专业现有教师26名，均具有硕士或博士学位，教授3人，副教授11人。其中国务院政府特殊津贴获得者1人，全国高校教指委委员2人，全国优秀教师2人，省百千万人才3人，省高校中青年学科带头人2人，江西省教学名师2人，博士生导师2人，硕士生导师18人，省级骨干教师5人。

本专业教师具有工程行业背景和丰富的工程实践经验，多名教师拥有一级注册造价工程师、一级注册建造师、一级注册结构工程师、注册监理工程师、注册咨询工程师（投资）等执业资格证书。

工程管理专业具有BIM与智能建造管理特色，依托江西省智慧建筑工程研究中心、江西省装配式建筑与智能建造重点实验室、国家土建结构预制装配化工程技术研究中心江西研究院、江西省建筑材料与智能建造实验教学示范中心、江西省BIM工程技术中心、南昌航空大学BIM研究所及建筑碳中和研究中心等教学科研平台，开展工程管理专业人才培养工作，近四年本专业学生参加“高教杯”全国大学生先进成图技术与产品信息建模创新大赛、全国高校BIM应用毕业设计大赛等国家级和省级相关学科竞赛，获得奖项数十项。

在行业影响力方面，本系是江西省土木建筑学会装配式建筑专业委员会主任委员单位，江西省土木建筑学会BIM专业委员会常务副主任委员兼秘书长单位，江西省土木建筑学会施工技术专业委员会常务副主任委员单位等。